Организация (ИП) на УСН, у которой доход за 2024 год не превысил 60 млн руб., не вправе исчислять НДС (в т. ч. по ставке 20 %). В случае выставления счета-фактуры с выделенным НДС его придется уплатить в бюджет и подать декларацию. Подробнее см. в ответе на вопрос ИС 1С:ИТС.
