Если превышение порога дохода в 60 млн руб. произошло в сентябре 2025 года, то плательщиком НДС ИП, применяющий УСН, признается с октября 2025 года. Исчислять НДС по доходам сентября (в т. ч. в суммы превышения 60 млн руб.) не нужно. Подробнее см. в ответе на вопрос ИС 1С:ИТС.
