КАКОВЫ НАЛОГОВЫЕ ПОСЛЕДСТВИЯ ОПЛАТЫ КОМАНДИРОВКИ УЧРЕДИТЕЛЮ, С КОТОРЫМ НЕ ЗАКЛЮЧЕН ТРУДОВОЙ ДОГОВОР?

Оплачивать командировочные расходы учредителю, который не является работником организации, нельзя. В такой ситуации с учредителем можно заключить ГПД с условием о возмещении расходов, связанных с поездкой. Подробнее см. в ответе на вопрос ИС 1С:ИТС.