Если комиссионер при реализации товара выставляет счет-фактуру с НДС, то такую ситуацию можно квалифицировать как выставление счета-фактуры с НДС лицом, применяющим УСН. Это лицо обязано исчислить НДС и заплатить его в бюджет. Поэтому комитенту на УСН в такой ситуации необходимо заплатить НДС с реализованных товаров в бюджет. Подробнее см. в ответе на вопрос ИС 1С:ИТС.
