Законодательно ответ на этот вопрос не урегулирован. По нашему мнению, каждое подразделение должно выписывать свой счет-фактуру. Если обособленное подразделение не имеет полномочий на выставление счетов-фактур, то допускается выставление одного счета-фактуры на все отгрузки головной организацией. Подробнее см. в ответе на вопрос ИС 1С:ИТС.
