Если на УСН ошибочно не выставляли счета-фактуры, то рекомендуемый порядок действий такой.
- Составить дополнительные соглашения к договорам с покупателями, оговорив стоимость с учетом НДС. Если контрагенты откажутся на увеличение цены на сумму НДС, то во избежание споров с ИФНС для расчета суммы НДС применяется расчетная ставка (т. е. фактически часть выручки необходимо заплатить в бюджет в виде НДС).
- Выставить счета-фактуры на отгруженные товары (работы, услуги), а также на суммы полученных авансов и зарегистрировать их в книге продаж за период, в котором возникла налоговая база по НДС.
Подробнее см. в ответе на вопрос ИС 1С:ИТС.