При удержании из дохода сотрудника излишне выплаченных сумм нужно внести корректировки в отчетном периоде их первоначальной выплаты. А в текущем квартале НДФЛ следует начислить на всю сумму дохода, включая удержанную сумму. Подробнее см. в ответе на вопрос ИС 1С:ИТС.
