КАК УКАЗАТЬ ДОЛЖНОСТЬ ИСПОЛНЯЮЩЕГО ОБЯЗАННОСТИ ГЛАВНОГО БУХГАЛТЕРА?

Если должность, на которую принят сотрудник на период отсутствия основного работника, – главный бухгалтер по штатному расписанию, то его должность так и будет называться. Подробнее см. в ответе на вопрос ИС 1С:ИТС.