Заместителя генерального директора организации можно уволить по соглашению сторон, поскольку трудовое законодательство этого не запрещает.
Возможность выплаты выходного пособия такому руководящему работнику при увольнении по соглашению сторон будет зависеть от того, относится ли он к категории работников, для которых трудовым законодательством установлены ограничения, или нет.
Подробнее см. в ответе на вопрос ИС 1С:ИТС.
